高教深耕主冊計畫：
本校秉持著落實「整合中西醫學，培育醫藥人才，善盡醫療服務，增進社會福祉」之教育理念。發揮本校中西醫結合研究優勢，以國際一流大學的願景，落實教學創 新及提升教學品質、型塑本校特色、提升高教公共性及善盡大學社會責任。
一、落實教學創新及提升教學品質
本校以培養學生4C關鍵能力為目標，強化學生語文能力、厚植學生基本素養，推動創意資訊課程以銜接未來智慧醫療現場。發展以學院為核心的教學體制，推動學院特色發展；多元化的教學策略，落實以學生為主體的「做中學、學中做」教學方法，培育高教人才。
二、發展學校特色
本校鏈結教學、研發和產學合作，建立中西醫藥學研究等共五個校級研究中心，培養具世界領導地位之中西醫結合、臨床與基礎醫學專業兼具之研究團隊，深化本校學術研究、人才培育、產學合作、國際校園學習環境，提升本校教研特色及國際聲望。
三、提升高教公共性
本校在提升高教公共性之策略包括：多重輔導弱勢學生就學、持續調控教師結構，同時開放大學學習環境，如：中醫藥博物館、圖書館、藝術中心，經營大台中在地、資源分享。此外公開辦學與財務資訊，並透過強化校務專業管理制度，推動校園校務研究，落實校務專業管理，建立以數據為本的校務決策。
四、善盡大學社會責任
深耕計畫中設置「USR計畫組辦公室」，結合本校及附設醫院醫療資源，以「樂齡長照、安全守護、地方創生與關懷、深耕中學與社區」等四大策略，讓師生深入社區進行健康促進之服務，同時引導學生「做中學、學中做」落實實踐學習與社會關懷。
特色領域研究中心計畫：
一、中醫藥研究中心
「中醫藥研究中心」統整原先校內兩個校級研究中心「中醫暨針灸研究中心」與「中草藥研究中心」，重整並設立目前中心下的「中醫暨針灸研究」及「中草藥研究」兩個研究群組，藉由中醫藥資源與技術整合，提供由基礎至臨床之中醫藥轉譯研究與相關技術之支援。中醫暨針灸研究群組由謝慶良教授負責，以針灸與神經科學之研究為重點研究方向，由臨床的角度切入並配合機轉研究來探討穴位微環境與經絡信息的傳導、針刺治療慢性疼痛、疼痛憂鬱共病、化療後神經病變等重要社會醫療議題，進行跨校多中心合作，應用現代科技之知識與技術，促進中醫現代化，以產生最大的醫療和社會效益。而中草藥研究群組方面由顏宏融醫師負責，從古方中找尋用於治療代謝、免疫、癌症等難治疾病的「單味藥」與「中藥複方」，並純化、鑑定、測試活性、了解分子機轉，進行臨床前試驗與臨床試驗，並且建立中草藥從萃取質量及安全檢測到臨床前至臨床試驗的標準平台。在成果方面，中草藥研究群組部分，PHY606對於缺鐵性貧血之臨床療效與代謝體評估、以IL-17A為標的的青黛中草藥開發應用、北蟲草對於治療關節炎與降低急性肺損傷之中草藥開發、牛樟芝成份EK100與AC-02在抗發炎的中草藥開發、薑黃素類緣化合物抗癌中草藥開發等已經有顯著的進展，中醫暨針灸研究群組部分，針灸治療慢性疼痛與憂鬱共病的療效機轉、中藥複方SS-1對乾燥症之療效機轉研究、針灸對於神經退化疾病之臨床療效與機轉研究等也有相當的成果，希望藉由這些中醫藥新療法的建立，提升醫療效益和社會福祉。
二、新藥開發研究中心
「新藥開發研究中心」以中國醫藥大學堅強的分子生物學研究為基礎，整合生物醫學研究所、新藥開發研究所、腫瘤醫學研究中心、整合幹細胞研究中心及分子醫學中心在新藥及細胞治療的研究動能而組成，主要目標是對於困難的疾病，探討致病之分子機制及訊息途徑，找出可用的標靶並開發適合的藥物；另外結合21世紀醫學重大突破之癌症免疫療法及幹細胞科技，進行與癌症疫苗及幹細胞再生醫學相關之基礎研究、轉譯醫學及臨床試驗，並配合本校既有之十個完善核心平台及齊全的軟硬體設備等支援，達到本校中長程之目標-「聚焦研究，解決重大醫學難題」。本中心同時兼具研究、教學及產學等功能。研究方面整合本校之藥物研發研究領域最頂尖的學者組成研究團隊，帶動本校生物科技與醫藥發展，以期能在新藥開發領域研發能量與科技水準領先群倫。教學方面將培養學生紮實的專業學科能力，充實生物製藥相關知識；並以現代分子細胞生物技術為基礎，結合生技製藥產業之發展重點，栽培未來新藥開發的高階專業人才。在產學方面，本中心傑出的研發成果，包括專利及人才，移轉入社會的產業鏈，帶動國家生技產業的發展。本中心透過「標靶新藥」及「細胞治療」二個研究團隊的基礎、轉譯到臨床研究，並藉由技術整合，擴充新藥開發相關核心平台。108年度積極發展癌症標靶藥物，也著眼於和癌症息息相關的老化機制與代謝問題，開發新穎之分子療法。而細胞治療群組將繼續聚焦於基礎研究及轉譯醫學來支持將細胞治療應用於臨床醫療，108年度之推動重點包括配合細胞治療特管辦法，積極推動樹突細胞疫苗來治療八大類第四期實體癌，以及自體骨髓間質幹細胞治療中風、脊髓損傷及退化性關節炎。