本校「高教深耕計畫」結合「107-111學年度新校務中長程發展計畫」，設定五大目標，其中高教深耕計畫內容涵蓋於本期之校務發展計畫中，為使執行時名稱統一並提升效率，五大目標中前四項的名稱皆同於深耕計畫名稱：其為(一)落實教學創新、(二)發展學校特色、(三)提升高教公共性、(四)善盡社會責任。校務發展旨在針對台灣目前以及即將面臨的各種醫療與社會問題，培育出優質的服務人才與解決方案，同時以「創新、特色與深耕」的治理精神，發揮醫學大學服務社會本質，落實高教深耕。
目標一：落實教學創新及提升教學品質
藉由厚植學生基礎能力、培養學生就業能力、建構跨領域學習環境、發展創新教學模式及建構創新創業生態環境等目標，在深耕計畫的浥注下，本校循序完善學生入學管理系統，了解學生特質及學習成效，復再以全球頂尖史丹佛大學之做法為標竿，重新思考未來學習的樣貌，並引進跨領域Design Thinking之教學，從學習目標、教學方法、學習方式與評量方法等四大方向，進行本校教育系統的創新，透過多元文化包容、全人思維、資訊能力與基礎科學的能力培養，強化學生作為現代公民的基礎素養，並運用深化、潛在性課程多向度的結合基礎醫學與醫學專業知識進行跨領域及跨科整合學習，以培養深具醫學人文精神、終身學習能力及現代資訊運用之醫療專業人才。其具體策略有以下六項：
策略一 厚植學生基礎能力
策略二 培養學生就業能力
策略三 建構跨領域學習環境
策略四 發展創新教學模式
策略五 建構創新創業生態環境
策略六 建構優質學習環境
目標二：發展學校特色
本校為醫學大學，擁有豐富學術資源及附設醫院的臨床實務經驗，藉此計畫可整合豐沛多樣性的研究資源與能量，並期望配合國家健康照護及長照策略需要，透過產官學之合作，為中部地區建置一個完整的醫學資料庫及研究中心並積極拓展對外關係，創造學生海外交流機會，積極尋找合作夥伴，建立學生海外長短期的實習交流常設據點，提供學生出國實習的多元選擇、以及出國進修的新機會。其具體策略有以下三項：
策略一 活化研究能量、建構預防醫學之智慧醫療網
策略二 推動國際交流、擴大國際招生
策略三 形塑學校特色優勢
目標三：提升高教公共性
本校積極提升弱勢學生就學機會，全方位完善弱勢學生招生、就學及就業輔導，優先錄取經濟弱勢學生，搭配本校募款機制爭取資源，學生於入學後每年提供獎學金及入學後強化課業輔導等，並整合校內資源，建構「就學資源系統」，給予在學弱勢學生完整資訊，扶助弱勢學生突破逆境向上提升；並強化校務治理組織，設置本校IR辦公室，盤點區域議題、建置實踐場域，設計師生支持系統，結合學研能量鏈結區域發展，提升高教公共性。其具體策略有以下三項：
策略一 學生面
策略二 教師面
策略三 制度面
目標四：落實社會責任
本校為善盡大學社會責任，除平時之正規教育培訓學生，也廣設推廣教育與終身學習學程，提供社會賢達人士終身學習之機會，並培訓醫療志工、青年醫療大使，服務國內、國外醫療與外交活動。更利用本校既有系所資源為台灣食品安全、環境安全或職業安全做把關。此乃真正達成落實社會責任與推動社會之創新。其具體策略有以下兩項：
策略一 落實大學社會責任推動社會創新
策略二 強化區域產學鏈結，協助在地產業發展與升級
