南華深耕計畫以「深化學習成效、深厚南華特色、深植高教公共性、深耕在地貢獻」為計畫總目標。計畫內容包括「A跨域翻轉與品保機制並重，深化學習成效」、「B生命教育與環境永續並進，深厚南華特色」、「C獎優扶弱與公益公義並行，深植高教公共性」及「D產學聯盟與社會創新並馳，深耕在地貢獻」等四分項計畫，以培養學生自主學習能力，並提升學生之基礎力、就業力、跨域力及創新力，確保學生學習成效。
本校在獲得教育部高教深耕計畫核定後，成立專責之高教深耕辦公室，負責執行本校高教深耕各項計畫之執行進度管考，並依據校務研究辦公室所蒐集提供之回饋資訊，通盤檢討與反思計畫之執行成效與適性，並對未來之規劃進行必要調整與改善。至於各行政與教學單位，則依據行政權責與學術專業特性，負責執行各項高教深耕計畫之具體策略與行動方案。
