高雄醫學大學立基於逾十年的教學卓越計畫成果，提出高等教育深耕計畫。於計畫的第一部分主冊規劃「落實教學創新及提升教學品質」、「發展學校特色」、「提升高教公共性」及「善盡大學社會責任」四大構面，開展十八項核心議題。透過「落實教學創新及提升教學品質」構面，以教師創新領航建立學生之關鍵能力，優化基礎能力、學用鏈結之專業能力、跨域融通能力及三創能力，以目標導向、彈性課程、精準學習為建構原則，確保本校學生紮實奠基具備迎向未來世界與健康照護的能力。藉由「發展學校特色」構面，鏈結產官學研，深化特色學術領域之發展與研究人才之培育，加值特色化區域健康產業，提升臺灣生醫發展之國際競爭力；同時以策略聯盟方式建立區域衛星團隊聯盟，合作教研與醫療服務等議題，協助友邦醫學教育與人才培育。另結合「提升高教公共性」構面，強化既有弱勢生之學習輔導、生活支持等安心就學機制，促使社會階層正向流動外。同時，促進校務治理透明化，回應學生、家長、教職員、校友與教育部等「知」的需求。再者，提供醫事人員與社會民眾更彈性、實用及產學結合的進修課程，具體落實大學推廣服務及實踐大學公共性。最後，連結「善盡大學社會責任」構面，搭建社會責任服務據點，深化原鄉醫療服務、推廣藥物濫用防制，並培力社區照護人力，實現與在地連結、促進在地發展之效益。再者，為深耕履踐大學社會責任、完善弱勢協助機制，本校亦獲教育部補助執行「那瑪夏人才培育與健康永續發展計畫」及「提升高教公共性、完善弱勢協助機制」，藉此將偏鄉醫療服務資源擴大延伸，並永續經營至原鄉教育發展（人才培育）及醫學教育與醫療照護（健康福祉），同時提供弱勢學生更完善的輔導支持系統，有效促進社會流動。
高雄醫學大學高等教育深耕計畫第一部分主冊架構圖
此外，本校環境醫學研究中心成立並實際運作近十年，過去在檳榔與癌症（口腔癌及食道癌）的研究，受到國際重視。為追求「學術創新」與「社會貢獻」，中心積極組成跨領域團隊，以「研究世界或國內上常見及重要的食安或生活環境議題與疾病之關係，並可以加以解決」為目標。整體研究以「生活環境污染物議題」為主軸，探討生活環境中三聚氰胺及環境荷爾蒙（尤其是塑化劑）等污染物對腎臟及免疫功能的獨立或交互作用影響與其機轉；另結合「在地環境」及「環境探索／延續」兩項議題，著重在地學童健康問題解決，及探討體溫調控與檳榔成癮對神經精神之作用與機轉。同時，透過中心發展之尖端技術平台及國內外學術單位的實質合作，深入探究環境-基因交互作用與疾病機制之關係並發展預防策略，積極將成果轉譯為預防醫學與公共政策的參考及科普教育的基礎。
高雄醫學大學高等教育深耕計畫第二部分「環境醫學研究中心」架構圖