本校「高等教育深耕計畫」獲1.69億元補助，第一部分聚焦「全面提升大學品質及多元發展」，第二部分主軸為「追求國際一流及強化研究能量」，本校共有「分子醫學」、「健康老化」及「新興病毒感染」等三個研究中心獲教育部補助，通過數為私校之冠。本校之總體目標，在成就「研究」、「教學」、「產創」三卓越之國際一流大學，以下就「落實教學創新及提升教學品質」、「發展學校特色」、「提升高教公共性」及「善盡大學社會責任」之目標，重點分述。
「落實教學創新及提升教學品質」
本校的教學表現在2018 年「遠見雜誌」台灣最佳大學排名名列全國第二，在本計畫中我們進一步強化創新教學，以提升學生創新及跨領域能力，以提升學生就業力。推動項目包括鬆綁學制精神的暑期跨領域學程，建置強化科技輔助、臨床技能及模擬教學的臨床技能與模擬中心，深化產業實務連接的生物科技產業碩/博士學位學程，以及利用資訊科技建立教師與學生互動以達到提高教學品質與學習效率的三聯網教學平台。
「發展學校特色」
以「教學、研究、產創」三卓越培育人才，結合長庚體系醫療資源與台塑企業管理特色，進行跨領域智慧工程與管理科學連結，投入生技醫療與照護之教學、研究與產業開發，具體措施包括：透過「教學創新」與「多元學習」精進學生專業知識。以「跨領域研究中心」聚焦生技醫療領域，推動醫學、醫工、醫管、或整合醫工管跨領域、跨國際之尖端研究與人才培育。致力「產學鏈結特色」發展，由研發成果投入產業發展，孕育技術「研發服務公司」（RSC）。
「提升高教公共性」
學生面為強化弱勢學生資源與輔導，以促進社會流動，本校持續從入學端、經濟端及學習端建立完善輔導機制，包含增進和保障弱勢學生入學機會、增加經濟扶助弱勢學生安心就學、建立弱勢學生友善學習環境、增強導師關懷弱勢學生網絡、提供實習課程及提供就業協助，推薦優秀應屆畢業弱勢生至台塑企業優先聘用。制度面為優化校務、系所經營與辦學成效，落實自我檢視與課責，建立以資料為基礎的決策機制，校務研究中心已逐步建立整合多種來源的校務研究資料倉儲，利用串聯完整的初級資料，設計九個辦學成效儀表板，以及撰寫程式自動生成與監測127 個校訂指標，協助本校各單位、系所進行決策。在公開辦學相關資訊方面，校務研究中心已逐步完成校務與財務資訊公開專區的更新，將固定式的資料呈現方式改為互動圖表，以強化高教公共性。
「善盡大學社會責任」
透過「桃園市產學大聯盟」及「跨校聯盟產學合作平台」，建立基礎合作網絡，善用各校資源優勢，建構聯合技術分享及產學雙向溝通平台。建構從人文、科技、設計、創新與管理之跨領域團隊，達到「智慧健康醫療照護」、「尖端生技研發」之特色軸向，輔以周邊產業構聯成永續智慧網絡、盤點區域文化特色、導向生活科技及生態環境友善之社會實踐。為使本校教師及學生，體現「取之於社會，用之於社會」的精神。