本校發展定位為「以教學為基礎，發展創新研究，營造以文化傳承、社會關懷為特色，運用兩岸學術教研優勢之精緻型大學」。秉承校訓「真知力行、兼善天下」，研訂教育目標為「落實全人均衡發展、培養理論及實務兼具之專業人才」。依此目標延伸對於學生核心能力和基本素養的培育，核心能力包括專業、語文、資訊、創新和整合五項能力，基本素養則包含人文與公民素養、環境與社會關懷、兩岸及國際視野。發展願景為「傳承閩南文風、打造現代書院，發揮地理優勢、建構兩岸學術交流重鎮，強調創新、關懷社會，發展島嶼經營典範之精緻型特色大學」。本校所提之高教深耕計畫構想，將在這個基礎上，支持並深化學校的長期發展願景。
整體策略分為建立教學創新大平台，跨領域整合，多樣化與參與式適性教育三個層次：
1.建立教學創新大平台
提供行政制度配合、組織調整與誘因機制，使得不同型態的教學創新課程、老師、學生有意願和動機，在學校所建立的大平台上，參與教學創新的工作。
2.跨領域整合，建立學校特色
打破系所和既有專業界線，以問題導向或目標設定，透過學院、校級研究單位、學校一級行政單位進行跨領域的整合，建立學校特色。這些跨領域計劃，常表現為專案形式，需要不同專業者，在研究、教學、公共服務上，共同合作，才能創造出與其他學校的差異。
3.參與式的多樣化適性教育
良好的教學成效並沒有唯一的解方，多樣化且因材施教的適性教育，才更是貼近教學現場的真實面貌。由系所老師、學生、甚至畢業校友發動，考量系所特色與需要，由下而上共同參與的教學創新計劃，才更能發現問題、解決問題。
四大主軸推動措施與效益如下：
▶落實教學創新及提升教學品質
成立校務研究辦公室，並至他校觀摩交流、舉辦校內工作坊及針對招生及註冊率進行數據分析，據以精進校務品質提升。優質教「師」面，持續規劃聘任及延攬優秀師資，給予多元獎勵，並藉實務研習、產學合作與教師專業跨領域成長社群等策略，調整教學模式或導入多媒體數位教材，以提昇教學能量與課程互動性；傑出學「生」面，透過規劃跨領域學程、跨校學程，以及開設資訊創作課程，藉以提昇程式語言創新科技在各領域應用能力之培養；特色「課」程面，以建構本校整合性通才、閱讀寫作、磨課師、創意創新創業與在地文化課程為標的；最後，藉由業師傳承講座、專業實習與企業參訪、輔導考取證照機制連結就「業」之促進發展。
▶發展學校特色
以「酒鄉、閩南、低碳島，兩岸、南向、新前線」作為訴求，藉金門在地農特產品的研發與驗證，協助地方特色食品研發加工與產業升級技術發展專案服務；並充分利用金門地理位置優勢，連結兩岸及國際交流，推動僑鄉建築、戰地、閩南文化與環境教育資源之彙集和永續發展，同時藉此共同推動產學合作價值鏈，達到實務應用與學術創作能量，進而建立學校特色品牌，為學校的價值再定位。
▶ 提升高教公共性
積極協助弱勢學生入學，縮短弱勢生其學習的落差，並從生活及課業上給予支援，除增加專案管理人員生涯規劃服務，協助弱勢生完成學習規劃外，另給予相關助學金補助，亦關懷其健康狀態及職涯規劃，完成一對一諮商輔導，並落實實習課程與增訂教師實習訪視措施，全方位予與弱勢學生多元豐富之機會。
▶ 善盡社會責任
透過推動金門農業創新技術與分析系統、辦理藝術人文資源共享活動、建立校園與社區休閒健康營造、執行中小學志工服務、籌辦尤努斯企業中心相關公益活動等議題綜整，構築學校和地區資源的緊密鏈結，進而培育區域發展所需的專業技術及前瞻創新人才，給予社會更多的貢獻與照顧，創造在地價值。