為確保計畫之確實執行及經費有效運用，強化計畫品質與成效，特訂定「國立高雄師範大學高教深耕計畫管考作業要點」，以達成以下目標：一、審議計畫各項考核指標暨預定進度。二、審議計畫之執行內容、進度、成效暨經費使用狀況。
經費及績效指標執行進度管考機制：
一、計畫活動宣傳及執行進度填報：各計畫執行單位應於相關活動辦理前後，將相關訊息及執行成果紀錄上傳至本校高等教育深耕計畫網站專區，並留存相關檔案資料。
二、計畫經費管控：總計畫每個月整理各主軸及分項計畫經費執行情形，並知會未達預定進度之主軸加強執行；針對嚴重落後或不克執行之經費額度，經協調後，將由總計畫統籌分配予實際需求之執行方案運用。
三、計畫執行管考會議：每個月辦理一次為原則，由副校長主持，成員包含主軸召集人及分項計畫負責人，針對執行策略、績效指標及工作進度進行管考。
四、計畫發展諮詢會議：每年辦理2次為原則，由校長擔任召集人，成員包含副校長、相關一級行政與學術主管、學生代表，並聘請校外學者專家擔任委員，針對本計畫之執行成效及未來規劃提供諮詢意見。