109至111年度為本期高等教育深耕計畫第二階段，此階段將教學創新與學生學習成效視為改革核心，而本校認為此變革的落實體現於「教與學公共價值」的實踐，並以校務發展計畫以全人化、全視化與全球化的三化共振作為體現公共價值的核心導引。在110年度起計畫發展策略除「教與學公共價值」（效益發揮）體現外，亦強調「大學社會責任」（社會實踐），並呼應「聯合國永續發展目標（SDGs）」（永續校園），據此發展各面向計畫與行動方案。為呈現110年度高教深耕、校務研究及社會責任實踐各方面之成果，本校於110年12月6至9日辦理「110年度高等教育深耕計畫暨校務研究成果分享會」 (成果展網頁：https://sites.google.com/gm.scu.edu.tw/2021scu)，以「東吳永續+」為主要概念，推展校園永續升級、培育永續知能人才，及深化校園與在地連結。
本校高教深耕計畫第二階段的四大重點策略為「體現三化公共價值」、「落實大學社會責任」、「實踐大學永續發展」及「以IR的循證基礎為計畫發展基石」，據此發展對應主軸與行動方案。
策略一：體現三化公共價值
所謂公共價值存在於公眾的生產和生活中，而以學校而言公眾包括學校與行政、教師與學生，以及社區及社會三方，此三方形成兩兩雙向互動關係。唯有瞭解公眾需求，才能決定具有價值的政策、提出改善組織的策略。因此，本校在第二階段高教深耕計畫即重視與深入瞭解教職員生、社區、社會、環境等不同利害關係人的想法與意見，據此擬定符合需求的資源、支援與制度，使校內有效提升教師教學與學生學習成效；校外協助在地問題界定與形塑解決方案，並藉由不斷的執行、回饋、改善之循環，使課程、教材、教法、學習資源的提供更符合社會環境所需與趨勢。
策略二：落實大學社會責任
學校落實社會責任，極需校級高度支持與協助，本校對此於108年正式成立「八芝蘭社會責任及地方創生推動辦公室」，以整合相關行政及學術單位的決策推動機制，建立橫向與縱向溝通協調之單一窗口，研擬、規劃與落實「USR校務支持體系」，以支持USR及地方創生團隊成為區域發展之推進者。在學校、師生與社區間的互動，透過鼓勵師生共組跨領域團隊參與在地場域實踐服務，協助在地界定問題，形塑問題解決方案，亦結合本校課程，使學生可將在校所學與應用於實際情境，並透過引入社區民眾的角色，期聯繫學校與在地社區間的社會互動關係。而本校110年度USR計畫競賽成果豐碩，分別參加2021「TSAA台灣永續行動獎」評選，由「老士林新共生－跨世代社區慢老計畫」、「彰化縣田中鎮農旅實踐協助計畫－群的力量」榮獲銀獎及銅獎。另，參與2021大學社會實踐線上博覽會（2021 USR ONLINE EXPO），由「老士林新共生－跨世代社區慢老計畫」USR計畫團隊榮獲「最佳亮點故事」獎。
策略三：實踐大學永續發展
近年來，本校積極將聯合國永續發展目標（SDGs）與校務發展計畫、高教深耕計畫、研究、產學、課程、學生活動等結合，並鼓勵教職員及學生投入相關之實踐行動，期能充分發揮大學作為高等教育機構之專業功能，在全球邁向永續發展的過程中，盡一份心力。110年度本校圖書館為迎接新學年與新鮮人，同時呼應學校推動落實永續發展目標的政策，新生活動以「SDGs」為主軸，規劃「大學生的永續生存指南」系列活動，包括闖關活動、「SDGs超前部署書展」及講座。更於本年度完成「永續發展報告書」，旨在揭露本校對於聯合國永續發展目標的各項行動與成果，此報告書於今年度參與由台灣企業永續學院主辦的「第14屆TCSA台灣企業永續獎」，榮獲「永續報告類-大學-銅獎」。
策略四：以IR的循證基礎為計畫發展基石
本校自104年度起接受教育部補助執行「大學提升校務專業管理能力計畫」，該計畫以循證基礎（evidence-based）出發，藉校內外直（間）接蒐集的主客觀質量化資料，建立決策支援系統。本校校務資料分析中心扮演積極的資訊公開與促進諮商的角色，為能進一步瞭解三方（校外民眾、本校教師與學生）利害關係人對本校的期望與認知，於109年度透過電訪及問卷進行認知調查，希透過利害關係人的角度瞭解本校可精進或待改善之處，並進而擬定相關之制度措施與配套做法。
以下以高教深耕四大政策目標概述110年度相關成果：
一、 落實教學創新及提升教學品質
(一)軟實力培育：透過學生學習成效長期追蹤問卷觀察學生軟實力的成長與變化，以此為依據強化學生創新思維、程式與資訊能力、科技運用能力，並因應AI人才需求持續增加，辦理AI考照工作坊及規劃開設「人工智慧國際認證導學」之全校性選修課程。
(二)促進教學創新：為強化教學品質與課程的多元性，透過教師教學精進計畫、教學實踐研究計畫、教師教學社群，及教學助理補助、軟硬體支援等機制，使教師能優化課程內容、教材、教法。更因應雙語化學習，辦理國內外、線上/實體教師培訓課程與工作坊，提升教師雙語教學自信與能力。
(三)培養學生自學力：為培養學生擁有自行取得資源的自學能力，藉由辦理自主學習社群、自主學習微課程、多元學習工作坊、推動與天下創新學院合作之線上學習平台，並開設「數位自主學習」學分課程、獨家引進「數位JPT日本語能力試驗」，以因應線上學習、終身學習的需求與趨勢。
(四)疫情下持續關懷學生身心健康：面對COVID-19疫情，不僅重視學生的身體健康，更應瞭解學生的心理狀態，故本校透過問卷，瞭解學生的心理狀態，以及運動情形。並將體育課轉為線上教學方式，更積極開發多元MOOCs等數位課程，開放學生自主學習，養成自主運動習慣。
二、 發展學校特色
(一)雙語學習普及提升：110學年度本校商學院入選教育部雙語學習計畫「重點培育學院」，為使全校學生均能具備國際溝通能力與國際化視野，本校以「強化學生英語力，推動全英語授課（EMI），提升全校國際競爭力」為願景，將「普及提升」目標自111年度起納入高教深耕計畫執行，落實本校雙語教育政策。
(二)國際觀養成：面對疫情、全球教育與學習模式的改變，為打造「在校即出國、課堂即留學」的國際學習體驗，本校透過成立「雙語教學資源推動中心」，推行全校雙語學習計畫與EMI課程，使學生在全英語的環境下學習專業知識，並分別在教師教學、學生學習、課程規劃、環境營造、國際交流等面向，訂定相關實施策略。
(三)提高學用配適度：為提高學生學用配適程度，順利尋覓合宜的工作，提升學生就業力。透過畢業生流向調查與雇主滿意度調查，瞭解學生畢業後學用相符程度，並提供院系進行課程與相關活動設計之依據，亦積極推動「第二專長跨域學習計畫」，以學院為軸心進行課程模組化，設計貼近產業市場需求之第二專長課程。
(四)永續發展目標融入學研產能再提升：為呼應聯合國之永續發展目標，本校將SDGs融入辦學、課程、研究及校級計畫中。另，2022 QS世界大學排名，本校首進世界大學排名之列；今年度國圖公布臺灣學術資源影響力排名，本校再次榮獲「學位論文傳播獎」、「學位論文開放獎」、「學位論文資源貢獻獎」三大獎。
三、 提升高教公共性
(一)扶助經濟或文化不利學生：本校自招生入學階段到學生在學期間，均對於經濟與文化不利學生給予獎勵、補助等優待方案，並設置原資中心，以協助本校經濟或文化不利學生得以藉由學校建立之輔導機制，減輕生活經濟負擔、安心就學。
(二)校務文化奠基、辦學資訊公開：本校設置有「東吳大學校務及財務資訊公開專區」、「校務資訊智能平台」、「東吳大學公開資料平台」、「東吳大學高教深耕計畫網」等，供本校各利害關係人瀏覽，以達校務運作之透明公正。今年度更藉由年度成果展，向校內各單位徵求校務分析成果稿件，並透過競賽展演方式，做為本校公開展現校務治理成果的方式之一。
(三)發展招生專業化：藉由「加深加廣招生診斷」、「優化簡化招生試務」、「建構評量尺規與效標基準」三大執行策略，以達成招生選才「四適」目標：採用適當方法、選擇適合學生、進入配適學系、成就適性發展。並致力發展總分計畫最適模型，強化招生評量根基。
四、 善盡社會責任
(一)大學社會責任實踐：本校大學社會責任發展藍圖，以「人才扎根養成、場域永續發展」為願景，並將永續發展目標概念融入，善用人文關懷與科技導入等專業特色資源，與在地場域協同合作，協助場域有效發展，並創新擴散成功經驗至鄰近地區，建立本校與社區共同營造之協力生態體系。110年度重要議題有「在地關懷」、「健康促進及食品安全」、「文化永續」、「長期照護」。