本校秉持著《天主教大學憲章》的辦學精神，追求真善美聖的全人教育，強調人文關懷與社會服務的價值理念，持續優化師生在教學與學習的氛圍，逐漸形成一所以「健康醫療」和「創意設計」為發展特色之天主教大學。在今年疫情的影響下，本校立即因應啟動「防疫不停學，教學再提升」的主軸，強化落實五大脈絡（教學精進創新、深化學用合一、鼓勵自主學習、重視人文關懷和強化國際涵養）的策略，透過本校自籌款結合高教深耕計畫補助的加乘效果，不論在國際評鑑認可、教學品質保證、學生學習成效提升和國際競賽獲獎都可以看見「全國第一、輔大唯一」的許多亮點：
為落實高等教育深耕計畫「連結在地、接軌國際及迎向未來」為主軸，以「發展大學多元特色，培育新世代優質人才」為願景，本校相當重視深耕計畫，由校長擔任計畫辦公室主任、學術副校長擔任辦公室副主任、教務長擔任執行長及教發中心主任擔任副執行長，共同戮力推動「全面性提升大學品質及促進高教多元發展」以及「協助大學追求國際一流地位及發展研究中心」之高教深耕兩大主軸。本校109 年度「高等教育深耕計畫」主冊獲87,103,227 元補助，附錄一就學協助 (原弱勢協助)獲7,617,800 元，附錄二原民生輔導 (含本部及原民會補助)880,000 元、公共性檢核300,000 元之重要成果除本申請書呈現內容外，因篇幅有限，餘請詳見本校「教學家-教學成果展示平台」及「輔大高教深耕計畫」網站。
本校「高等教育深耕計畫」整體亮點為：
1.成為「全國最具健康醫療與創意設計特色之大學」 第一階段延續
本校已於2017年創設之「輔仁大學附設醫院」與「創意設計中心」，並結合12學院 之豐富軟硬體資源，共同打造以健康醫療和創意設計為特色之跨領域學習氛圍。
2.以創新跨領域學院為主場，強化能跨域、善實作和敢創新之學習氛圍 第二階段調整
本校已於110年度新設「創新跨領域學院」，積極整合校內12學院的資源，持續推動具有跨域整合、產業思維、數位學習、美感素養與永續發展目標（SDGs）的相關課程，並強調以學生為學習主體，培育跨領域合作、學用合一與自主學習的能力，以利快速因應社會脈動及產業發展趨勢。
3.促成「校內外合作、資源統整、資訊通透、創新服務之推動策略」 第二階段調整
本校透過組織改造，新設「資源與事業發展副校長」與「事業處」，積極募集與整合校內外資源，共同推展雙贏策略，讓經費發揮最大效益；持續經營維護LINE@師生群組，開啟課程診斷與學習輔導中心服務，讓師生有感；因應防疫新學期，創新提供「雲端無限好，存取無限制」的服務，超前部署防疫數位課程的推廣，廣受師生好評。
4.成立「輔大社會責任計畫辦公室，發揚天主教大學的倫理與使命」第二階段新增
輔仁大學推動大學社會責任計畫之目標主要聚焦在「原民地方創生」、「新五泰地區的永續發展、消除貧窮與零飢餓與健康促進」。目前除輔大醫院深耕新五泰地區的健康照顧之外，另亦有食物銀行計畫、服務學習中心、偏鄉教育關懷中心以及全國首設的原住民族學生資源中心和全國原住民族地區地方創生推動中心。深耕在地，發揚天主教大學使命與社會責任。
5.以「全國第一、輔大唯一」的國際卓越表現，共同形塑「輔仁大學師生光榮感」近年來，在深耕計畫的挹注之下，輔仁大學不論在國際大學的排名，還有輔大師生在研究發表與國內外競賽，均大放異彩，再創高峰。