馬偕紀念醫院以耶穌基督救世服務人群的愛心，效法馬偕博士「寧願燒盡，不願銹壞」之精神，設校興學，期能以「身、心、靈完整醫治」之全人醫學教育訓練模式，培育富有尊重生命、愛人如己、關懷弱勢、並以第一線醫療服務為職志之醫事專業菁英。學校訂定以優質教學培育專業醫事人才為緯，以特色研究成就教師生涯發展為經，定位於教學與研究相輔相成之教育發展目標。本校依滾動修正之107~111年中程校務發展計畫持續推動校務發展，復配合「高等教育深耕計畫」計畫目標、期程與資源之融合，同步落實教育部協助高教發展之政策目標，並與提升本校興學能量。
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本校依107~111年中程校務發展計畫持續推動校務發展，復配合「高等教育深耕計畫」計畫目標、期程與資源之融合，同步落實教育部協助高教發展之政策目標。107-109年深耕計畫推動已達成下列重要成果及亮點摘錄如下：
(一) 因應數位時代，積極推動E化科技翻轉學習模式。依序完成錄製八大生理系統醫學影音教材、各專科CBL教案、護理學專有Moocs課程、聽力暨語言治療個案教學影片等諸多深具自我學習效益數位學習教材，強化銜接臨床及理論。
(二) 以Moodle與EverCam等數位教學平台開設數位課程，建置AR解剖教學系統，強化互動與翻轉式教學、啟用Zuvio互動教學平台等，大幅擴增教師之創新教學模式，有效激發學生自主學習，有效提升教學品質。
(三) 推動PBL(Problem based learning)和CBL(Case based learning) 與各種情境教學，持續辦理相關教師Tutor訓練營及教案撰寫創作研習營，對PBL與CBL教案之品質，以及Tutor之能力素質有顯著之獲益與提升。
(四) 整合醫、護、聽語開設創新之社區整合醫療教學模式，規劃偏鄉醫療訪視、健康諮詢及聽力篩檢等社區服務，增進學生實務技能，並落實關懷弱勢之核心價值。
(五) 創新以臨床問題導向之教學範例與程式實務撰寫操作，大幅提升學生應用生物統計與程式語言於臨床研究問題與資料分析能力。
(六) 建置數位教材製作中心、主動學習與翻轉教學專用教室、護理情境教學中心、聽語臨床治療中心等建置，優化教學軟硬體設備，強化教學品質落實教學創新，大幅強化「做中學」之教學效益。
(七) 邀請各相關領域國外學者蒞校講授並參與學苑教學，開辦「英美短篇故事賞析」與「德國文化」等遠距課程及異國文化工作坊，增進學生語言能力及國際觀；鼓勵學生實地至國外單位實習、交流，以擴展學生國際化視野與學與學習機會。
(八) 持續舉辦教師經驗分享、專業社群與教學成長營、補助教學實踐計畫、辦理數位教學師資培訓工作坊等，不斷提升教師教學能量，亦持續開創創新教學研究。
(九) 訂定彈性薪資制度，鼓勵教師適性生涯發展，有效肯定教師之教學與學生服務貢獻；續辦mentor制度，鼓勵資深教師協助年輕教師研究、教學與升等之成長。
(十) 推行共學園書院式學習與輔導特色，以學長姐同心圓模式，完善弱勢生輔導暨扶助機制，提升助學能量，善盡高等教育機會均等與促進社會階層流動責任。
(十一) 精進校務發展，資訊系統通過BSI國際資安認證。持續更新校務資訊建立IR專區，以資訊透明回應利害關係人與社會對高等教育成效之期待。
(十二) 持續推動之品格培育計畫，全面性的結合三芝區公所、公益團體及教會等外部單位之協力，建立北海岸青少年品格培育資源平台。
(十三) 開設「三芝桃花源誌」與「在地人文專題」、藝術工作坊等通識課程，實地參與促進在地文化之新世代傳承與推廣，達到社區共融與共榮多元發展。