本校近兩年所推動的高教深耕計畫，執行特色為從馬偕出發的高教深耕，不但呼應教育部四個發展主軸，更以學校的在地優勢與特色，歸納出學校執行的五大亮點，分別為馬偕文創、基礎扎根、創新永續、弱勢關懷與國際交流。
- 馬偕文創
馬偕博士從1872年來到淡水，開始行腳，足跡遍及北台灣，從事宣教、教育與醫療服務。其中教育的部分以辦學為主，創設牛津學堂與台灣第一所女子學堂，因為無教室進行授課，故以戶外教學為主，並於行腳過程中傳授天文、地理、地質與植物等課程，可稱為是台灣最早的通識教育。而且馬偕與文化發展一向密不可分，本亮點呈現出本校在「馬偕+文創」上的各項發展，包括數位博物館、古蹟展演以及馬偕自然課等。由馬偕的辦學理念出發，強調數位與人文，透過數位科技類的計畫執行，訓練同學在資訊技術上的能力，同時也透過自然人文類的計畫執行，讓學生可以沉浸在馬偕所遺傳下來的精神與資產，培養出具有科技與人文素養的健全學習生涯。
- 創新永續
本校一向著重創新教學，透過海外與產學實習，搭配創新的教學與服務，提升學生學習成果的競爭力。這個亮點以創新創業以及海外服務與學習為基礎，透過建構創業平台，訓練同學具有創意的思維，同時也透過傳遞創新行銷的實務觀念，累積同學豐富的職前訓練知識，再透過海外的服務，一方面了解國內外經濟與文化的根本差異，同時也訓練同學的國際觀與全球洞察力。
- 基礎扎根
為加強本校學生的基礎能力，特別是大一新生之基礎教育，開設暑期先修班包含語文、基礎數學、程式設計入門及通識課程(以戶外教學為主)。此外，在學期間亦開設多元的語文課程包括本國語言、日語、韓語、英語(入門/初級/進階)等。有鑑於資訊科技一日千里，本亮點的計畫著重培在養學生最新的資訊技術，發展各行業專業人才以及大數據趨勢的相關訓練。除了培養學生處理巨量資料的能力與思維，同時在跨領域的議題上也透過培養相關的數位能力來進行學習。
- 弱勢關懷
本校的志工服務一直以來都深獲好評，本亮點透過在地與海外服務，發揮馬偕愛與服務的精神來關懷弱勢。除了發揮本校的在地優勢，以及提供校內在地原民扶助與學習的機會，更透過學校活動的舉辦，將原住民的文化與特色推廣行銷。此外，更擴大了馬偕的關懷，將影響力延伸到海外，藉由服務海外偏鄉的族群來造福弱勢，同時也行銷國家與學校。
- 國際交流
透過與日、韓姊妹校互訪等交流活動(如:學生交流、互訪活動、學術交流、課程參與…等)，讓學生體驗在國外生活與學習的寶貴經驗，且提升學生國際視野與學校在國際的知名度。
