教育部高等教育深耕計畫自112年起迎來第二個5年期階段，依據教育部規劃，第二期深耕計畫將引導大學發展自身優勢、培育符應未來需求及國家發展之人才，更加強調學生六大關鍵能力養成，以邁向聯合國教科文組織（UNESCO）勾勒的永續教育願景。本校執行教育部深耕計畫，緊密扣合校務中程發展願景；於第一期深耕計畫落實教學創新、發展特色、提升高教公共性及善盡大學社會責任等面向之擬定策略，累積諸多成果，逐步實踐「營造未來大學教育場域」、「發展未來生活實驗場域」、「打造大學衍生新創公司」的三大主軸願景，並在此基礎上持續滾動調整。根據新一期中程校務發展的特色與行動方案，本校第二期深耕計畫著重在教學創新、社會責任、產學合作、高教公共性提升等方面，推動英語授課、資訊安全及科技教育，培養跨域素養，以因應國際化、智慧科技、資訊安全等發展特色。同時，積極推動大學社會責任及相應支持系統，體現校方對社會的影響力，並加強與產業的聯結，促進未來醫學院（系）、淨零碳排等特色發展。此外，第二期計畫的另一特色是，執行團隊廣泛涵蓋7個學院、USR辦公室、基地、研究中心，並結合IR辦公室進行計畫關鍵指標及自我績效管考機制。通盤檢視107-111年執行現況及問題，學校進行滾動修正，112-116年則進一步延續、微調或新增重點。這包括教學模式的深化、社會責任的全面履行，以及產學合作的更緊密連結，確保校方的發展策略能夠持續演進並達到預期目標。
在教學創新方面，緊扣本校中程校務發展計畫「智慧‧行動‧永續」主軸，基於第一期教學創新計畫執行成果，回應全球劇烈的環境變動挑戰，擬出本期計畫願景「培育新世代跨域專業人才、接軌國際永續發展目標」，並透過培養學生九大關鍵能力，達到提升學生就學力、就業力與創業力之目標。112-113年達成具體成果包括：
（一）建構全英語課程及促進國際交流：透過深耕經費挹注，本校3個學院獲教育部核定112-114學年度「大專校院學生雙語化學習計畫」，113年更獲選為「領域型標竿計畫」學校；全年度舉辦多場全英語講座、工作坊與活動。
（二）啟動課程變革，鬆綁「微學分」，增進學生彈性自主學習。
（三）投入資安人才培育，學生修習資安、ISMS、PIMS課程，遍及21系所；與印度、越南等新南巷國際大學簽署合作網路安全聯盟備忘錄（MOU）鏈結國際教育夥伴。
（四)優化跨領域學習環境：逐年提升取得證書人次，112學年度達131人次。
在社會責任及提升高教公共性方面，透過盤點在地需求，配合SDGs目標拓展USR計畫實踐領域，113年提出11個USR HUB團隊計畫與1案萌芽型計畫，涵蓋友善人權、代間關係、跨文化交流等；以PBL教學法實際帶領學生進入場域學習，提升社會參與，促成居民與師生共同行動；拓展與國際學術夥伴的合作交流，積極落實國際學術與產學研究。112-113年參與本校社會實踐之周邊社區居民累計逾1,300人次、修畢社會參與課程之學生數逾9,900人，並發行podcast達56集。此外，本校與美國非營利慈善機構Give2Asia合作，擴大海外捐款管道；推動團體諮詢課程進行CPAS及CA職涯錨定說明，有效擴大學生諮詢動機較前一年度增加7%，其中嘉星學生增加11%。112年起並推出全英沉浸式國際職涯課程、國際職涯講座。
在產學合作方面，結合本校研發優勢投入電動車超靜音馬達、半導體封裝檢測等「智慧製造」領域，同時在第一期已發展之智慧醫療產業聚落的基礎上持續深化投入精準健康相關研究；另發揮本校人文社會領域優勢，聚焦永續人權相關議題。112年度由深耕計畫衍生之產學合作累計8案，113年更新增5家企業、3家醫療院所；師生發表於國際期刊或國際會議論文共計25篇；並支持學生參與共同研究之獎勵人數（研究獎助生）計44人。本校亦積極響應實踐聯合國2030永續發展目標，於112年成立「永續發展辦公室」，辦理「碳盤查啟動會議暨說明會」，宣誓正式啟動ISO 140641:2018溫室氣體盤查作業，透過盤查及驗證，規劃相關行動計畫，期以逐年減碳達到碳中和之目的。