慈濟大學雖為私立，但並非一般的私立大學，慈濟大學為佛教慈濟慈善基金會所支持之大學，自創校以來，學雜費收入僅佔辦學支出之20%左右，慈濟學校法人及醫療基金會每年均挹注將近50%(產學合作18.4%、捐助30.94%，合計49.3%)之經費支持慈大教育。
根據104學年度各大學校院會計師查核報告，慈大財務健全，排名全國第3，且零負債（引自聯合新聞網2016/12/15報導）。由於慈濟基金會之捐款，來自海內外十方大德，加上政府各部會（教育部、科技部、衛福部等）經費之支持，故慈濟大學並非一般的私立大學，亦非國立大學，而是由公部門及全球慈濟人護持之「公立」大學。
慈濟大學創校23年以來，亦不負十方大德及政府支持，已達成為東台灣培養醫護專業人力之辦學初衷，並擴大培育東台灣及全球慈濟志業所需之人才，戮力學術發展。2016、2017連續2年遠見雜誌依據客觀數據主動進行之台灣145所(2016年)、102所(2017年)大學排名，慈大榮登整體排名第19(2016)及第20名(2017)，2017年學術聲望及教學排名均獲第15，為前20名學校中，唯一在東部，建校歷史最短，且規模最小的學校。2018台灣最佳大學排行榜，本校獲醫科第6、私立大學第9。
2019年首次參與世界大學排名，獲英國泰晤士高等教育Times Higher Education(THE) 世界大學影響力排名(University Impact Rankings)總體成績全球第67名，台灣第1。根據2016年慈大畢業生流向調查，慈大醫學系歷屆畢業生留任東部及離島醫療院所之比例為23.1％，投入醫師人力嚴重缺乏之內外婦兒急等五大科之比例為41%；護理系近5年畢業生29%服務於東部地區。除了醫護畢業生之外，依據本校107年畢業生流向調查結果，應屆畢業生52%、畢業後1、3、5年畢業生約30%留在東部地區服務。可見慈大教育能促使學生留在生活機能相對不便利的東部服務，而慈濟四大志業長期深耕東台灣，也提升了台灣東部醫療、教育、人文品質，實踐了慈大對東台灣社區優化發展之社會責任。
除了培育人才之外，慈大也積極追求學術卓越，確保優良之辦學品質，慈大辦學品質呈現於以下：
1.高等教育評鑑中心主辦之第1週期（98年下半年）及第2週期（104年下半年）系所評鑑全數通過。107年醫學系TMAC評鑑全面通過(評鑑有效期限6年)。
2.107年醫學系TMAC評鑑全面通過(評鑑有效期限6年)
3.遠見雜誌全台灣大學排行：
(1)2016年整體排名第19，學術聲望第18，教學第13。
(2)2017年整體排名第20，學術聲望第15，教學第15。
(3)2018台灣最佳大學排行榜，本校獲醫科第6、私立大學第9、教學表現第12、生師比第5、學生平均經費第8，年度增加經費第5。
4.連續10年榮獲教育部教學卓越計畫補助，累計總額4億1482萬2仟元、2016-17平均每生獲補助11,696元，為全國第2高。
5.102-106年獲教育部競爭型計畫(不含教學卓越計畫)補助經費總額共32,949,919元。
6.各系國考及格率年年優於平均值外， 其中數年更居於全國及格率榜首。
7.大學部畢業生就業情形優於全國大學校院平均值。
(1)依據《商業周刊》與101人力銀行合作進行之「大學社會新鮮人就業率大調查」結果，慈大2008年至2010年三年期間，大學畢業生畢業後六個月的「實際就業率」為71.54%，排名全國私立大學第一。
(2)依據教育部「大專校院校務資訊公開平台」公布之畢業生流向概況資料，慈大大學部99及100學年度畢業生於102及103年度就業率高於全國大學校院平均值。
8.Cheers雜誌2008年「台灣1000大企業最愛大學畢業生」調查，慈大「生命科學院」排名全國第5名。