本校107年度所推動的高教深耕計畫，執行特色為『從馬偕出發的高教深耕』，除了呼應教育部四個發展主軸，本校更以學校的在地優勢與特色，提出本校執行的四大亮點，分別為：
l 馬偕文創
馬偕與文化發展一向密不可分，本亮點呈現出本校在「馬偕+文創」上的各項發展，包括數位博物館、古蹟展演以及著名的馬偕自然課等。由馬偕的辦學理念出發，強調數位與人文，透過數位科技類的計畫執行，訓練同學在資訊技術上的能力，同時也透過自然人文類的計畫執行，讓學生可以浸淫在馬偕所遺傳下來的精神與資產，培養出具有科技與人文素養的健全學習生涯。
l 創新永續
本校一向著重創新教學，透過海外與產實習，配以創新的教學與服務，提升生習成果競爭力。這個亮點以創新創業以及海外服務與學習為基礎，透過建構創業平台，訓練同學具有創意的思維，同時也透過傳遞創新行銷的實務觀念，累積同學豐富的職前訓練知識，最後再透過海外的服務，一方面了解國內外根本的經濟與文化差異，同時也訓練同學國際觀與全球洞察力。
l 編程普及
有鑑於資訊科技一日千里，本亮點的計畫著重培養學生最新的資訊技術，發展各行業專人才。本年度計畫更著重於大數據趨勢的相關訓練，除了培養學生處理巨量資料的能力與思維，同時也透過培養相關的數位能力，在跨領域的議題上進行學習。
l 弱勢關懷
本校的志工服務一直以來都享有良好名聲，本亮點透過在地與海外服務，發揮馬偕悲天憫人的關懷，造福弱勢。除了發揮本校的在地優勢，提供校內以及在地原民扶助與學習的機會，更透過學校活動的舉辦，將原住民的文化與特色推廣行銷。除此之外，本校更擴大了馬偕的胸襟與關懷，將影響力延伸到海外，藉由服務海外偏鄉的族群，造福弱勢，同時也行銷國家與學校。
