本校積極推動「高等教育深耕計畫」，藉由前瞻物質基礎與應用科學、前瞻量子科技、高熵材料、腦科學研究等重點特色領域研究中心的卓越化發展，並輔以辦理競爭型研究團隊及跨領域研究計畫的補助，激勵本校資深教師帶領年輕教師或年輕教師自行共組團隊，專注於一特定聚焦的研究主題，期待在未來能有重大突破進展或培養團隊逐漸成熟有共同優良成果，以爭取校外各式大型整合計畫，推進跨領域與跨學院整合研究品質，積極整合相關資源進行跨界合作，使本校的研發能量進一步提升。108年計畫執行成果如下：
- 2019 QS World University Rankings by Subject
- 重點產業高階人才培育與就業計畫(Raise計畫)，107、108年每項皆為各校之冠
- 積極推動校本部學院進行與教育/藝術學院進行跨領域研究計畫合作與研究
清華大學是全台唯一一所沒有醫學院，但卻進入「生命科學與醫學」領域500大的學校
醫院合作相關領域計畫件數分佈(104 ~ 108)
