本校經由對校務發展、學生學習及教師教學研究與生涯發展，所面臨主、客觀困境之分析，擬具107~111年中程校務發展計畫，復配合「高等教育深耕計畫」兩項計畫目標、期程與資源之融合與推動，期早日達成「以優質教學培育專業醫事人才為緯，以特色研究成就教師生涯發展為經，定位於教學與研究相輔相成之教育發展目標」，同步落實教育部協助高教發展之政策目標，與提升本校興學能量。
因應數位時代，本校積極推動E化科技翻轉學習模式。軟體部分已完成錄製八大系統醫學影音教材，護理學專有名詞解釋區與自我測驗區等多功能行動學習包，兒童與成人聽力暨語言治療個案教學影片，以及生醫、長照等多部數位學習教材，將逐步平台上線，學生不受時、空限制激發自主學習，並藉由學習歷程記錄及學生回饋，瞭解學習狀況進而提升教學品質；業已購置SAS、SPSS及資訊軟體，提升具備應用生物統計與程式語言於臨床研究問題與資料分析能力。硬體方面則著手進行主動學習與翻轉教學專用教室、遠距學習共享空間、聽語臨床治療中心，與長照創新輔具及環境研發育成中心等建置，優化教學軟硬體設備，強化教學品質落實教學創新。
為縮減學用落差，培育跨領域及國際性人才，透過本計畫採購教學實驗儀器於基礎醫學實驗課程或跨系所教學課程運用，亦可提升教師研究能量。並規畫偏鄉醫療訪視、諮詢及聽力篩檢等社區服務，增進學生實務技能，亦可作新竹院區成立偏鄉醫療課程参考；另完成各專科CBL教案，辦理師資培訓工作坊，幫助學生了解疾病全貌，強化銜接臨床及理論。為增進學生語言能力及國際觀，除邀請各相關領域國外學者蒞校講授外，亦開辦「英美短篇故事賞析」與「德國文化」等遠距課程及異國文化工作坊；並實地至國外單位實習、交流，遂護理、聽語、醫學等系刻正與日本近畿大學簽屬MOU、日本大阪杵社社會貢獻之家、日本弘前大學、美國California State University、Ohio University洽談簽署合作備忘錄、實習協議或MOU等事宜。復開設「三芝桃花源誌」與「影像心創意－在地人文專題」等通識課程，增進學生開創性思維。
期精進校務發展善盡社會責任，本校透過完善弱勢生輔導暨扶助機制，提升助學能量。並於今年10月通過BSI英國標準協會複評，持續更新校務資訊建立IR專區（http://www.zone.mmc.edu.tw/IRArea/），涵蓋校務治理分析及品質保證機制。運用本校辦學特色結合地區人口特性，鼓勵師生走出校園投入社區醫療關懷，透過「跨領域在地醫療諮詢服務」、「馬偕好厝邊」等計畫，學生藉由參與居家訪視、免費健檢、體適能運動等，培養社會責任感，同時促進三芝居民身心健康。並延續創校至今持續推動之品格培育計畫，更全面性的結合三芝區公所、公益團體及教會等外部單位之協力，建立北海岸青少年品格培育資源平台。為推廣三芝特有人文藝術，配合本校必修公民素養與服務學習課程，透過「三芝桃花源誌」等藝術工作訪，實地參與文化傳承，活絡本校師生與三芝在地區民情感交流，達到社區共融，青銀共榮多元發展。