馬偕紀念醫院以耶穌基督救世服務人群的愛心，效法馬偕博士「寧願燒盡，不願銹壞」之精神，設校興學，期能以「身、心、靈完整醫治」之全人醫學教育訓練模式，培育富有尊重生命、愛人如己、關懷弱勢、並以第一線醫療服務為職志之醫事專業菁英。並訂定以優質教學培育專業醫事人才為緯，以特色研究成就教師生涯發展為經，定位於教學與研究相輔相成之教育發展目標。
配合教育部推動高教深耕計畫目標與本校之辦學宗旨，本校深耕計畫之發展特色與重點工作 摘要如下：
(一)建立人才培育特色、(二)建立優質課程與教學模式特色、(三)協助教師成長與發展特色、(四)結合在地特色資源，推行共學園書院式學習與輔導特色、(五)培養相互合作與服務情操，發展具醫護專業之學生活動特色。※詳細內容請參閱附件，謝謝。