深耕計畫管考機制將分為資訊公開、書面考評及實地考評等3類方式進行，說明如下：
一、 資訊公開：學校每年依實際執行情形，於教育部所訂期限前，至管考平臺及校務資料庫填寫執行成效，並於學校網站中公開資訊。
二、 書面考評：書面考評將採「2+3」，各校「年度執行成果報告」（由深耕管考平臺匯出績效指標、經費執行情形及各校所報之質性亮點分析）併同高等教育深耕計畫推動協調與影響評估辦公室團隊產出之各校「年度綜合分析報告」等2份完整資料，交由教育部籌組之「考評小組」進行書面審查，提供學校方向調整與改進建議。
三、 精準訪視：教育部基於政策需求訂定分析主題，如人才培育延攬、學術創新研發、學校教學創新、產學合作、學校公共性等，或由各組委員擇定分析主題，進行特定主題訪視。
