第二期將延續第一期架構，以兩大部分進行推動，第一部分為「全面性提升大專校院品質及促進高教多元發展」及第二部分為「協助大學追求國際一流地位及發展研究中心」，前者包括主冊、主冊專章(國際化之行政支持系統、資安強化)、附冊（落實大學社會責任實踐計畫）、附錄一（提升高教公共性：完善就學協助機制）與附錄二（提升高教公共性：透過原住民族學生資源中心輔導原住民學生成效），後者包括全校型計畫、特色領域研究中心計畫。
一、主冊
為協助學校發展特色，將要求學校依據特色規劃主冊計畫，包括校級計畫願景與目標，各面向應基於發展學校特色提出具體策略，第二期調整為四大面向，並強調培養學生關鍵能力以面對未來世界，各面向對應之學生關鍵能力或推動重點如下。
1. 教學創新精進
引導學校調整校內課程開設，朝強化學生資訊科技能力、自主學習能力、跨領域能力、問題解決能力、國際移動能力、社會參與能力與通識人文能力之方向發展。
2. 提升高教公共性
聚焦提供積極性的公平受教機會與資源，引導大學落實教育促進社會流動的積極性任務。
3. 善盡社會責任
培養學生社會參與能力，使校園與社區成為專業實踐、道德投入及關懷參與的場域，強化學生社會責任感並建立公民意識，進而成為展現利他行為的世界公民。
4. 產學合作連結
針對我國六大核心戰略產業，包括資訊及數位、資安卓越、臺灣精準健康、綠電及再生能源、國防及戰略、民生及戰備，深化產學合作機制，並強調從做中學（learning by doing）的教學精神，在教學上結合真實情境協助學生整合學習過程所養成之知識與技能，進而培養問題解決、系統思考與協調合作等能力。
二、主冊專章（國際化之行政支持系統）
大學可依據自我定位及發展特色，就招生、攬才、國際合作等面向之行政支持系統自行擇定及研提規劃推動之策略及擬定相關績效指標。本部提供參考之績效指標如下：
1. 境外學生學習支援
多語版招生資訊；專責單位提供教務諮詢服務；透過優質華語教師，提供質量兼具華語文課程；引導修讀全英語授課課程（EMI）並輔導成為教學助理；規劃與本國學生互動交流活動；境外學生課程改善與精進機制。
2. 輔導境外學生畢業後留臺工作
以外語提供境外學生實習與就業資訊之機制；輔導境外學生畢業後留臺工作之各項措施。
3. 國際化人力及行政資源
行政及輔導人員接受外語進修訓練課程；行政及輔導人員相關法令規定知能研習；專責單位提供境外學生生活適應、緊急事件之諮詢服務及應處機制。
4. 外籍教研人員工作支持
協助申請入境及在臺工作（含簽證、工作許可、居留證等）；生活照顧（含住宿、保險、子女教育協助等）；教學（含協調課務安排、精進教學能力等）；研究（研訂申請研究經費與設備、申請聘任研究助理之規定）；權益維護（提供教研人員有關考核、升等、申訴資訊）。
三、主冊專章（資安強化）
為協助大學建立持續性與永續性的教研環境，不因資安事件受影響而中斷教學與研究，爰規劃資安強化專章，大學可參照資通安全管理法及其子法要求，推動資通安全管理，以資通安全責任等級分級辦法就管理面、技術面及認知與訓練面研提規劃推動之策略及擬定相關績效指標。本部參考數位發展部資通安全署「資通安全維護計畫範本」提供參考之績效指標如下：
1. 全校導入資訊安全管理系統（ISMS），包括：資通安全長之配置、資通安全推動組織、資通系統及資訊之盤點、資通安全風險評估、內部資通安全稽核及委外稽核、業務持續運作演練、資訊安全管理系統(ISMS)適用範圍。
2. 強化學校人員資通安全認知與訓練，包含：配置資通安全專職人員、提升資通安全專職人員資安職能、提升教職員資安意識。
3. 確保資通系統管理量能，例如：資通系統集中化管理、適度降低資通系統數量。
4. 落實管理危害國家資通安全產品，含括：禁止公務使用大陸廠牌資通訊產品、限制出租場域使用大陸廠牌資通訊產品。
四、附冊（落實大學社會責任實踐計畫）
1. 以「在地連結」與「人才培育」為核心
引導大專校院以人為本，從在地需求出發，結合人文關懷與科技導入，協助解決區域問題，善盡社會責任。
2. USR精神融入校務治理架構
持續鼓勵學校將「大學社會責任」融入校務治理架構，接軌全球永續發展議題，提升大學影響力並培養具國際視野及移動力之人才。
五、附錄一（提升高教公共性：完善就學協助機制）
為提高經濟及文化不利學生進入公立學校就讀比例，以及透過補助機制，引導學校建立外部資源，以提供經濟不利學生輔導所需資源及經費，並以學習取代工讀之輔導機制，使經濟不利學生得以同時兼顧課業與生活所需，以有效促進社會流動率。
六、附錄二（提升高教公共性：透過原住民族學生資源中心輔導原住民學生成效）
持續落實「原住民族教育法」第25條，建立原住民學生在校就學及生活之文化支持系統，並強化校內各單位分工合作共同推動之機制，促進族群友善校園環境，補助計畫內容以三大面向推動，包括精進輔導功能、強化組織定位與營造族群友善環境。
七、全校型計畫
為引導學校型塑國際品牌，學校須發展創新機制、建立國際領先之優勢地位，因此學校應依優勢定位規劃全校型計畫，包括校級計畫願景與目標，各面向應基於發展學校特色提出具體策略，第二期全校型計畫將協助學校以優勢進行國際連結並強化領先地位，原3面向（學術研究與創新研發、人才培育與國際延攬、社會責任與國際貢獻）調整為以下4面向，並開放學校可設定多個標竿對象，可針對各標竿之優勢進行學習，不以單一標竿學校為限。
1. 學術創新研發
發展創新機制，建立核心團隊、場域與特色，並強化產業連結；與國際機構進行關鍵技術技轉、深化共同研究。
2. 人才培育延攬
穩固拓展博士人才並提供獎助學金；補助博士生赴國外移地研究；成立國際研究室（international laboratory），團隊根植臺灣以深化研究與吸引國際人才。
3. 國際競逐提升
促進學校合作對象多元化，包括雙邊或多邊跨國合作；鼓勵學校主辦國際研討會、強化與國際各學會連結，提升國際影響力與師生國際視野；延攬歸國學者並協助其與海外母校研究及交流。
4. 社會責任貢獻
以國際合作實踐SDGs理念，將永續環境、健康、安全等議題結合學術研究；以學術服務社會，回饋國內社會並貢獻國際，協助我國與國際面對全球重大挑戰（Grand Challenges）。
八、特色領域研究中心計畫
為持續強化大學研究能量，並培育重點領域國際一流人才，卓越國際聲望，同時解決社會議題，大幅提升產業競爭力，第二期計畫將配合高等教育深耕計畫第二部分推動目標，持續精進研究中心能量，作法包括以下：
1. 人才培育及延攬
引導研究中心培育高階研發人才並延攬過優秀人才擔任研究人員。
2. 學術研究表現
除學術研究量的提升，並強化學術研究國際影響力之成長。
3. 國際合作交流
鼓勵研究中心邀請國際優秀人才來臺交流，並選送中心成員至外國學研機構進行相關學術研究及交流等，同時透過與外國機構共同進行研究提升國際能見度。
4. 社會貢獻
透過產學合作來促進產業發展，亦鼓勵中心推動社會責任工作，解決社會問題。