高等教育深耕計畫第二期延續第一期架構，以兩大部分進行推動，第一部分為「全面性提升大專校院品質及促進高教多元發展」及第二部分為「協助大學追求國際一流地位及發展研究中心」，前者包括主冊、主冊專章(國際化之行政支持系統、資安強化)、附冊（落實大學社會責任實踐計畫）、附錄一（提升高教公共性：完善就學協助機制）與附錄二（提升高教公共性：透過原住民族學生資源中心輔導原住民學生成效），後者包括全校型計畫、特色領域研究中心計畫。
依據法務部108年11月14日法廉字第10800074540號函釋意旨，機關團體辦理補助案，應於開始受理申請前，將補助項目、申請期間、資格條件、審查方式、個別受補助者之補助金額上限及全案預算金額概估等資訊，以電信網路或其他足以使公眾得知之方式公開。
計畫補助相關資訊公告如下：
一、補助項目：高等教育深耕計畫主冊（含國際專章）及全校型計畫。
二、申請期限：五年期計畫採2+3形式辦理，115年未重新辦理徵件審查，請學校於115年7月6日前提送成果報告。
三、資格條件：本計畫補助對象為公私立大學校院（不含專輔學校及宗教研修學院）。
四、審查方式：書面審查，必要時安排簡報審查。
五、個別補助金額上限：每案補助上限至多不超過當年度預算金額，115年暫定為19,654,495千元；實際補助金額依當年度預算額度及審查結果核定。
六、全案預算金額概估：5年970億（依年度預算編列及審議結果辦理）。
七、本補助申請應踐行利益衝突迴避法第14條第2項身分揭露義務：
(一)「依公職人員利益衝突迴避法第14條第2項前段規定，公職人員或其關係人申請補助或交易行為前，應主動據實表明身分關係。又依同法第18條第3項規定，違者處新臺幣5萬元以上50萬元以下罰緩，並得按次處罰。」，補助對象請併附公職人員及關係人身分關係揭露表。
(二)請由本部政風處網頁下載「(補助)公職人員及關係人身分關係揭露表-a-事前揭露」表（https://depart.moe.edu.tw/ED4300/cp.aspx?n=EF5E55F317ED9D85&s=1E77F44E3255EFB0），於申請補助時提交。
※1.其餘相關申請及補助作業請依本部通知及規定辦理。
2.本補助案如有未盡事宜，悉依教育部補（捐）助及委辦經費核撥結報作業要點（https://edu.law.moe.gov.tw/LawContent.aspx?id=FL008371 ）、大專校院高等教育深耕計畫經費使用原則（https://edu.law.moe.gov.tw/LawContent.aspx?id=GL001753 ）等相關規定辦理。